会社員が確定申告すると得をするケース
— 年末調整で取れない還付まとめ
2026年3月30日
この記事でわかること
- ✓年末調整は「会社がやってくれる申告」だが、対応できない控除がある
- ✓医療費・住宅ローン初年度・株損失繰越・副業は自分で申告しないと取れない
- ✓還付申告は5年間遡れる。過去の申告漏れも今年取り戻せる
- ✓e-Taxなら自宅から30〜60分で完結。税務署に行く必要はない
「会社員は年末調整があるから確定申告は不要」は半分正しい。 年末調整は給与所得の税金計算を会社が代行するものだが、 対応できる控除の種類は限られている。
医療費・住宅ローン（初年度）・株の損失・副業収入は、 自分で確定申告しないと税金の取り戻しができない。 申告しないまま放置しているのは「払わなくていい税金を払い続けること」と同じだ。
申告が「義務」のケース
副業収入が年間20万円超
給与以外の所得（雑所得・事業所得）が年間20万円を超えた場合は申告義務あり。
複数の勤務先から給与を受け取った
副業先・掛け持ち先の給与は年末調整対象外。本業と合算して申告が必要。
給与収入が2,000万円超
高額給与は年末調整の対象外。必ず確定申告が必要。
申告すると「得になる」ケース
義務ではないが、申告することで税金が還付される。期限内の申告を推奨。
医療費が年間10万円超（または所得の5%超）
本人・生計同一の家族の医療費を合算。交通費・一部市販薬も対象。10万円超の部分が所得控除になる。
住宅ローン控除の初年度
住宅ローン控除は初年度だけ確定申告が必要（2年目以降は年末調整で対応可能）。
株・FXの損失を翌年に繰り越す
特定口座（源泉徴収あり）の損失は申告すると翌3年間の利益と相殺できる。申告しないと繰り越せない。
ふるさと納税が6自治体以上
5自治体以内なら「ワンストップ特例」で申告不要。6自治体以上は確定申告が必要。
年の途中で退職して再就職しなかった
年末に会社がない＝年末調整されない。給与所得があった分の税金が払いすぎになっている場合が多い。
災害・盗難で損害を受けた（雑損控除）
自然災害・火災・盗難による損害は「雑損控除」として申告できる。
認定NPO・特定の公益法人に寄附した
ふるさと納税以外の特定寄附金も「寄附金控除」として申告できる。
年末調整と確定申告の違い
年末調整
・会社がやってくれる
・対応控除：生命保険・iDeCo・配偶者・扶養など
・医療費・株・副業には対応しない
・申告書の提出だけでOK
確定申告
・自分でやる（e-Taxで自宅完結）
・対応控除：年末調整の範囲＋医療費・住宅ローン初年度・株・副業など
・期間：2月16日〜3月15日
・還付申告は5年間遡れる
e-Taxでの申告手順（概要）
国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス（e-Tax推奨）
マイナンバーカード or ID・パスワード方式でログイン
「給与・年金の方」を選択し、源泉徴収票の数字を入力
該当する控除項目（医療費・住宅ローン等）を入力
還付口座を入力して送信。還付は2〜3週間後に振込
過去5年分の申告漏れは今年取り戻せる
還付申告（払いすぎた税金を取り戻す申告）は、 申告期間（2月〜3月）に関わらず、5年前まで遡って申告できる。 「3年前に医療費が多かったが申告しなかった」という場合も、今年中なら取り戻せる可能性がある。
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